Las actividades de I+D+i del CNH2 se estructuran a través del desarrollo de Proyectos de I+D+i agrupándose en tres tipologías:
- Proyectos bajo contrato. Son proyectos externos que se realizan por encargo bajo contrato de algún agente externo.
- Proyectos en colaboración. Son proyectos externos en los que el CNH2 participa junto con otros centros de investigación y/o empresas, existiendo financiación externa para el desarrollo de los mismos de manera conjunta.
- Proyectos estratégicos. Son proyectos cuya finalidad es el desarrollo de nuevas tecnologías o procesos y/o la transferencia tecnológica al sector. Se desarrollan en temáticas de interés actual o futuro para el centro y que, en el momento de su planteamiento, no cuentan con financiación externa, si bien podrían conseguirla con posterioridad, pasando entonces a alguna de las tipologías señalas en los puntos a) y b).
Las tecnologías del hidrógeno son multidisciplinares por lo que los proyectos que se desarrollan en el CNH2 cuentan con los diferentes laboratorios, sus investigadores y tecnólogos, los cuales poseen especializaciones muy diversas.