La actividad científica y técnica del CNH2 se establece a través de su Plan Director de I+D+i, elaborado cada cuatro años tomando como referencia las recomendaciones que surgen en la Unión Europea, en el Plan Nacional de I+D+i y desde las Comunidades Autónomas, así como, desde el entorno nacional e internacional del sector, tanto desde el punto de vista científico como industrial. Actualmente se encuentra en vigor el Plan Director de I+D+i 2011-2014. Este Plan se basa en las líneas estratégicas y las áreas tecnológicas identificadas por la comunidad científica y empresarial que marcan las líneas de investigación, desarrollo e innovación a realizar en el Centro. Las áreas en las que se divide el plan son:

  • Producción de hidrógeno
  • Almacenamiento
  • Transformación de hidrógeno en energía
  • Integración
  • Normativa y seguridad
  • Acciones complementarias de apoyo

Las Unidades de Relaciones Externas y de Coordinación de Proyectos gestionan este Plan, contando con el resto de unidades del Centro para su revisión anual. A través de esta revisión evalúan el grado de cumplimiento y proponen nuevas actuaciones o modifican y actualizan las existentes.

Actualmente está en proceso de elaboración el Plan de I+D+i 2015-2018. Para ello se ha revisado el cumplimiento de objetivos del Plan Director 2011-2014 y, teniendo en cuenta los resultados de esa revisión, los avances experimentados en los campos de implantación del Centro, las líneas planteadas por la Plataforma Tecnológica Española del Hidrógeno y de las Pilas de Combustibles (PTE HPC) y por la Fuel Cell and Hydrogen Joint undertaking (FCH-JU) en su MultiAnnual Working Plan (2014-2020), por numerosos miembros de la comunidad científica tecnológica nacional e internacional, las nuevas infraestructuras creadas y los nuevos laboratorios y equipos cuya adquisición y puesta en marcha se derivará de la ejecución de los Fondos FEDER adjudicados al Centro, se redactará el Plan que será la guía para el desarrollo de la I+D+i en el CNH2 en los próximos cuatro años.
En su elaboración participa el Comité Científico Técnico Asesor, que debe evaluarlo y aprobarlo antes de ser presentado al Consejo Rector, quién será responsable de su aprobación final. El Plan se revisará anualmente y se modificará o ampliará en función de lo que, de esa revisión, recomienden el Comité Científico Técnico Asesor y el Consejo Rector.