Con fecha 21 de diciembre de 2007 se firmó el Convenio de colaboración entre el Ministerio de Educación y Ciencia (ahora Ministerio de Economía y Competitividad) y la Consejería de Educación y Ciencia (ahora Consejería de Educación, Cultura y Deportes) de la Junta de Comunidades de Castilla-La Mancha para la creación del Consorcio para el diseño, construcción, equipamiento y explotación del Centro Nacional de Experimentación de Tecnologías de Hidrógeno y Pilas de Combustible (CNH2).

En el convenio original de creación del CNH2 se establecieron y dotaron de contenido los diferentes órganos de gobierno y consultivos con los que cuenta el CNH2.

Según el acuerdo de creación del CNH2, el máximo órgano de decisión del centro es el Consejo Rector, formado por las administraciones consorciadas a partes iguales y con una presidencia rotatoria por periodos de dos años.

De este Consejo Rector depende una Comisión Ejecutiva formada, también a partes iguales, por ambas administraciones y que tramita los temas necesarios que aprueba el Consejo Rector.

El Consejo Rector y la Comisión Ejecutiva disponen, como órganos asesores, del Comité Científico Técnico Asesor, formado por científicos y representantes de empresas nacionales, así como, de la Abogacía del Estado y de la Comisión Financiera.

Del Consejo Rector y de la Comisión Ejecutiva depende el Director del Centro, que tiene como órgano consultivo al Comité de Dirección. Actualmente, el Comité de Dirección está formado, además de por el Director de Centro que lo preside, por el Gerente, que actúa como secretario, los Jefes de Unidad, el Técnico Financiero y el Técnico de Recursos Humanos.